تشهد حركة مشروع تونس أزمة داخليّة عكستها الإستقالات المتتالية، بعد الإعلان عن التأسيس بأيّام قليلة وبسبب الهيكلة، حيث تقدم أعضاء الحركة التي تستعدّ لإطلاق جبهة إنتخابية بمشاركة أطراف حزبية أخرى قريبة منها، باستقالات جماعية في مكاتب عدد من الجهات، من بينها مكتب سيدي بوزيد إحتجاجًا على طريقة التسيير.

وامام موجة الإستقالات التي عرفتها قيادة مشروع تونس وكتلته البرلمانية، توجهت التهم إلى الأمين العام، محسن مرزوق، بمحاولة الإستحواذ على كل الصلاحيات لنفسه وإقصاء كل من يختلف معه في الرأي، وذلك مع إستعداد حركة مشروع تونس للإعلان عن الأرضية الأولى والتأسيسية لجبهة إنتخابية جديدة تحت مسمى "جبهة الإنقاذ" صحبة مجموعة من الأحزاب والشخصيات.

على الجانب الآخر، يتعرّض الأمين العام للحركة محسن مرزوق، لإنتقادات شديدة بسبب بعض المواقف والتصرفات في الفترة الأخيرة على غرار زيارته لخليفة حفتر في بنغازي، كما شهدت حركة مشروع تونس إستقالة جماعيّة جديدة من صفاقس هذه المرّة، حيث ضمت قائمة المستقيلين من صفاقس المدينة وصفاقس الغربيّة 56 توقيعًا.