يرجع جزء كبير من القلق بشأن الآثار الصحية للقهوة منزوعة الكافيين إلى طرق المعالجة المستخدمة في إزالة الكافيين, التقنيات المستخدمة اليوم في عملية الإزالة آمنة إلى حد كبير، لكن هناك بعض الأدلة على أن هذا النوع من القهوة قد يزيد البروتين الدهني منخفض الكثافة أو الكوليسترول الضار.

ويوجد هناك طريقتان لإزالة الكافيين إحداهما طبيعية, وقد تم العثور منذ عام 1970 على مواد كيميائية تستخدم في نزع الكافيين من حبوب البن تسمّى ثلاثي الكلور، وهي تسبب السرطان, إلى جانب هذه الطريقة توجد وسيلة طبيعية لنزع الكافيين تعتمد على خلات الإثيل وكلوريد الميثيلين، وتشتق خلات الإثيل من الفواكه، وتشير العبوة في هذه الحالة إلى أن هذه القهوة منزوعة الكافيين بشكل طبيعي.

وقارنت دراسة أعدها البروفيسور روبرت سوبريكو من مركز فوكوا للقلب في أتلانتا بين آثار القهوة العادية ومنزوعة الكافيين على مستويات الكوليسترول الضار، وتبين أن القهوة العادية لا ترفع الكولسترول أصلًا، بينما تقوم بذلك القهوة منزوعة الكافيين, ويقال إن عملية إزالة الكافيين هي المسؤولة عن ذلك.

ويعتقد كثيرون ممن يشربون القهوة منزوعة الكافيين أنه يمكن شربها مع الحليب والقشدة دون زيادة السعرات الحرارية، وهي فكرة خاطئة, بحسب بيانات ستاربكس تحتوي القهوة منزوعة الكافيين المضاف إليها الحليب  من حجم 447 ملل على 360 سعرة حرارية و19 غرامًا من الدهون, إذا كنت تحاول الحفاظ على وزنك لا تستلم لفكرة أن القهوة منزوعة الكافيين تحتوي سعرات حرارية أقل وتضيف إليها الحليب والقشدة.

يعتقد الخبراء أن تناول فنجان أو اثنين من القهوة منزوعة الكافيين في اليوم لن يكون له آثار صحية ضارة، أما إذا كان لديك إرتفاع في مستوى الكوليسترول، أو خطر الإصابة بأمراض القلب فقد تحتاج إلى مناقشة عادة شرب القهوة منزوعة الكافيين مع طبيبك، خاصة أن هذه القهوة تفتقر إلى بعض المواد المضادة للأكسدة التي توجد في القهوة العادية وتمنحها الفوائد الصحية.