تشهد المعارضة السورية صراعا بين جناحيها العسكري والسياسي تزامنا مع طلب الرئيس الأمريكي من الكونغرس تخصيص 500 مليون دولار للمساعدة في تدريب وتجهيز عناصرها المعتدلة. المجلس العسكري للمعارضة المسلحة رفض قرار أحمد طعمة بحله.
 رفض مجلس القيادة العسكرية العليا للجيش الحر (المعارضة المسلحة) اليوم الجمعة (27 حزيران/ يونيو 2014) قرار أحمد طعمة رئيس الحكومة المؤقتة للمعارضة السورية بحله. ووصف المجلس قرار طعمة بأنه "خطأ قانوني جسيم"، واعتبر أن حل المجلس وإقالة رئيس الأركان عبد الإله البشير ليس من صلاحيات الحكومة المؤقتة. جاء ذلك في بيان للمجلس نشرته مواقع المعارضة السورية على شبكة الإنترنت.
 وطالب بيان المجلس الائتلاف المعارض، الذي عين "طعمة" رئيسا للحكومة أن يحاسبه على هذا "التصرف غير المسؤول، والذي يؤدي إلى إحداث شرخ بين القوى الثورية العسكرية من جهة وممثلي الثورة السياسيين من جهة أخرى"، حسب تعبير البيان.
 وكانت حكومة طعمة قد أعلنت حل المجلس العسكري وإحالة أعضائه على "التحقيق"، بحسب بيان صادر عنها في وقت مبكر اليوم الجمعة. وجاء الإعلان عن الخطوة بعيد طلب الرئيس الأميركي باراك اوباما من الكونغرس تخصيص 500 مليون دولار للمساعدة في "تدريب وتجهيز" المعارضة السورية المعتدلة، بالتزامن مع الهجوم التي يشنه تنظيم "الدولة الإسلامية في العراق والشام" في شمال العراق، وتوسع نفوذه في سوريا.
 كما شمل القرار "إقالة رئيس الأركان العميد عبد الإله البشير وتكليف العميد عادل إسماعيل بتسيير شؤون هيئة الأركان العامة"، داعيا "القوى الثورية الأساسية الفاعلة على الأرض في سوريا لتشكيل مجلس الدفاع العسكري وإعادة هيكلة شاملة للأركان خلال شهر من تاريخه".
وأنشئت هيئة الأركان العامة للجيش الحر في كانون الأول/ ديسمبر 2012، في محاولة من الائتلاف السوري المعارض لجمع المجموعات المقاتلة ضد النظام على الأرض وتوحيد قيادتها، فيما أبقيت المجموعات الجهادية خارج الهيئة.
 بيد أن هيئة الأركان التي تمكنت في الأشهر الأولى من تحقيق بعض الخطوات على صعيد تنظيم المجالس العسكرية للمناطق، ما لبثت ان تراجعت هيبتها مع انشقاق مجموعات مقاتلة بارزة عنها وتكوينها تشكيلات أخرى، إضافة إلى تصاعد نفوذ المجموعات الجهادية في الميدان.
 وانتقد الناشطون والمقاتلون مرارا ضعف الدعم الذين يتلقونه من المجتمع الدولي، لا سيما الدول الغربية، في مواجهة القوة النارية الضخمة لقوات النظام المدعوم من إيران وروسيا. وعللت الدول الغربية إحجامها عن تزويد المقاتلين بسلاح نوعي، بالخوف من وقوعه في أيدي المتطرفين.