تطارد الشائعات دائما جهاز "الميكروويف" بشأن أضرار وأمراض خطيرة يخلفها، منها مرض السرطان، لكن منظمة الصحة العالمية تؤكد أنه يعمل بموجات الراديو غير المرئية، وتستهدف الأشعة التي يصدرها جزيئات المياه الموجودة في الأطعمة والمشروبات المراد تسخينها، ما يؤدي إلى احتكاك الجزيئات ببعضها مولدة حرارة. تتمثل مفاتيح أمان استخدام فرن الميكروويف في ثلاثة محاور أساسية، طبقا لتقارير منظمة الصحة العالمية التابعة للأمم المتحدة والمواقع الطبية الأجنبية، على رأسها التعرض لموجات الراديو وهي الخوف الذي يقبع في قلب كل ربة منزل، والحروق، وأخيرا التعامل مع الطعام، وباتباع تعليمات الاستخدام عند شرائك الفرن، يمكنك طهي وتسخين طعام صحي تماما مثل الفرن العادي. لا يشكل التعرض للإشعاعات التي يولدها الميكروويف خطرا إلا إذا كان ذلك لمدة طويلة ومستويات طاقة عالية جدا، بخاصة على الأطفال والحوامل، ولتفادي التعرض لأي إشعاعات يجب فحص الفرن الخاص بك بحثا عن أي شرخ أو كسر من الداخل أو الخارج، ويجب أيضا التأكد من إغلاق الباب جيدا قبل تشغيله، وفي حالة حدوث أي ضرر بالفرن، يفضل عدم تشغيله حتى يتم تصليحه عن طريق عامل صيانة ذو خبرة. كم أكد التقرير الذي نشرته منظمة الصحة العالمية أن عملية تسخين الطعام والشراب في الميكروويف له بعض الخصوصيات، حيث يفضل ألا يتم التسخين بشكل زائد حتى لا يصل للغليان، على عكس الأفران العادية، التي تسمح بخروج البخار الناتج عن عملية الغليان من خلال الفقاعات، لكن الميكروويف يحبس هذا البخار، ما يؤدي لارتفاع درجة حرارة المشروب إلى حد كبير، وذلك يتسبب في حروق بالفم، ويمكن تفادي حدوث ذلك عن طريق وضع ملعقة داخل المشروب المراد تسخينه. وهناك بعض أنواع الطعام التي يفضل عدم تسخينها أو طهيها داخل الميكروويف، على رأسها الطعام الذي لا يوجد على سطحه مسام تسمح بدخول وخروج الهواء مثل السوسيس، وأيضا الطعام الذي يتكون من مواد مختلفة مثل البيض الذي يحتوي على بياض وصفار، يختلف تأثرهما بالحرارة ما قد يؤدي لانفجار البيضة. وطبقا لمنظمة الصحة العالمية يعطي الطعام المطهو داخل فرن الميكروويف نفس فوائد التغذية الناتجة عن الفرن العادي، ولا يوجد أي أضرار تذكر من الطهي في الميكروويف، لأن الموجات التي يستخدمها مثل طاقة الضوء تماما، بمجرد إطفاء الفرن تختفي الطاقة كليا من داخله، ويعتبر الفرق الأساسي بين الطهي في الميكروويف والفرن العادي هو الوقت، حيث يقضي الطعام وقتا أقل بكثير في الميكروويف لأن الموجات التي يستخدمها تغوص إلى درجات عميقة في الأطعمة لا تستطيع النيران العادية الوصول إليها. ولكن يختلف تأثير فرن الميكروويف على الأطعمة المختلفة، اعتمادا على نسبة المياه الموجودة بالطعام، ومستوى الحرارة، والكمية المراد تسخينها، حيث يراعى أن يكون الطعام رقيقا وليس سميكا، حتى يطهى الطعام جيدا، وهو ما قد يؤدي لبقاء بعض الأجسام الصغيرة الضارة التي تقتلها الحرارة، لذلك يفضل أن يقضي الطعام دقائق قليلة بعد خروجه من الفرن قبل تناوله. وعن الأدوات المستخدمة عند تسخين الطعام داخل أفران الميكروويف يفضل استخدام الأطباق البيركس الحراري أو الصيني أو الخزف، والابتعاد تماما عن استخدام كل منتجات البلاستيك حتى لا تنصهر بفعل درجة الحرارة المرتفعة، وكذلك المعادن التي تعمل بدورها على انعكاس إشعاعات الميكروويف.