كشف تقرير للجهاز المركزي للمحاسبات الخاص بمراجعة القوائم المالية لشركة ابوقيرللأسمدة ، عن وجود نزاع بين الشركة ومصلحة الضرائب ، بسبب عدم سداد مستحقات ضريبية منذ عام 2008 حتي العام الجاري وأوضح التقرير أن الشركة  خصصت  280 مليون جنيه لسداد الضرائب المستحقة عن الشركة ، تحت بند تسوية المستحقات الضريبية ، فور حل النزاع فيما بينها . ونص التقرير أن المبالغ المخصصه لضرائب شركات الأموال منها 130 مليون جنيه قيمة ماتم تقديرة من وجهة نظر الشركة لمقابلة أي إلتزامات ضريبية محتملة عن سنوات التي لم يتم فحصها بعد" 2008 /2009 حتي 2011/2012" علي أن يتم   مراعاة ماتقضي به المعايير المحاسبية في هذا الشأن ، مشيرا إلي أن  الشركة ردت  علي الجهاز المركزي مؤكدة  أن المبالغ المقدرة تم أخذها في الإعتبار بالقياس بالمنازعات والخلافات السابق الإعتراض عليها من قبل مصلحة الضرائب عن السنوات الجاري فحصها والمتنازع عليها وذلك تطبيقا لسياسة الشركة المحاسبية بشأن المخصصات والموضحة بالإيضاح رقم (3 /15 ) من الإيضاحات المتممه للقوائم المالية في 30 سبتمبر 2012.