هاجم المفكر الدكتور سيد القمني، جماعة "الإخوان المسلمين" وفكرة الخلافة الإسلامية التي ينادون بها، مشيرًا إلى أنهم إذا كانوا يريدون تطبيق الخلافة فعليهم أن يأتوا بقرشي ليكون  خليفة المسلمين، لافتًا إلى أن هناك أشياء من خصوصيات الرسول فقط لا تعَمَم. وشدد القمني، خلال الجلسة الثالثة والأخيرة لمؤتمر المواطنة والأقليات، على فكرة الانتخابات الديمقراطية ، التي تخالف معتقدات جماعة "الإخوان المسلمين" والتيار السلفي لأنه وفقا لرؤيتهم الدينية فإن الانتخابات ليست من الدين، مشددًا على أن الإسلام دين كريم وعظيم بمفرده، وليس له أي وظائف سياسية ولا علمية ولاحضارية. وأوضح أن جماعة الإخوان ليس لديها معنى الوطن والعدل بين المواطنين ، بل هي جماعة تسعي إلى تحقيق مطالبها الذاتية، فهم مثل الحزب الوطني يريدون تحقيق مصالحهم دون مراعاة مصالح الشعب المصري، لافتًا إلى أن مبدأ العام للجماعة، هو مبدأ السمع والطاعة. ورأى أن  مظاهرات المصريين ضد جماعة  الإخوان  بسبب عدم وفاء الجماعة بتعاهداتها الاقتصادية وانتشال الشعب  من الوضع الاقتصادي الحالي ،مشيرًا إلى أن الإخوان يحتلون مصر ويفعلون معها كما فعل المحتل فيها بل أسوء لأنهم حولوا مصر إلى مجموعة إلى الجزر المنعزلة  التي تزداد بؤسا وتشردا .  وشدد على أن الدستور الإخواني هو عبارة عن عبارات مطاطية تحتمل النقيضين، مشيرًا إلى أن أي التباس في المعاني سيتحول عند التطبيق إلى صراعات و مآسٍ، فيتحول الدستور عن معالج لأمراض المجتمع والمحصن للدولة إلى مرض قاتل .  وحول مبدأ المواطنة، قال القمني: " :" سأذكر فقط بقول آخِر فقيه معاصر لهم وهو الشيخ يوسف القرضاوي الذي قال إن المواطنة هي رابطة الطين والتراب تحقيرًا لها، وأنها لاوجود لها بجوار رابطة الإسلام العظيم. فهم لا يعترفون بالوطن ولا بالأرض ولا بحدود لدولة الإسلام، هم يعرفون فقط إسلامًا عالميًا هو الوطن