أمرت نيابة جنوب القاهرة الكلية، بسرعة ضبط وإحضار كل من القيادي الإخواني محمد البلتاجي، وعصام العريان، وصفوت حجازي، لاتهامهم بالتحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد في المقطم. وانتهى وكيل نيابة حوادث جنوب القاهرة أحمد المنوفي، من التحقيقات مع مرشد جماعة "الإخوان المسلمين" المهندس خيرت الشاطر ، والمرشد السابق مهدي عاكف، حيث أنكر الشاطر جميع الاتهامات الموجهة إليه، وقال "إن هناك انتقامًا من جهاز الأمن الوطني ضده، لا سيما بعد الاتهامات التي يوجهها له الجهاز عن قدرته في اختراقه عن طريق الاستعانة بأحد اللواءات وغرسه داخل الجهاز، لمتابعة ملفات النشطاء السياسيين والثوار المناهضين للرئيس السابق محمد مرسي، والتسجيل للقيادات والمشاهير ورموز المجتمع والصحافة والإعلام، واتهامي بشراء أجهزة حديثة بحجة التجسس على هذا الجهاز"، مؤكدًا في التحقيقات، "تعرض محلاته للتخريب والسرقة من قبل بعض العناصر المعروفة وقيامهم بنقل ما تم سرقته إلى أماكن معروفة للأمن الذي تغاضى عن التحرك، ولا سيما بعد تحرير عدد من المحاضر ضد هؤلاء المتهمين".
وواجهت النيابة مرشد "الإخوان" السابق مهدي عاكف، بأقوال قناص "الإخوان" مصطفى محمد، الذي اعترف بقتل المتظاهرين لمحاولتهم اقتحام المقر وحرقه، وأن ذلك بناءً على أوامر من قيادات الجماعة التي مدتهم بالأسلحة اللازمة، حيث قال القناص الذي ألقى المتظاهرون القبض عليه، في التحقيقات "إنه كان بصحبته 250 عضوًا أعلى المبنى، وبحوزتهم بنادق خرطوش وآلي، كما قاموا بكهربة سور المقر لمنع المتظاهرين من اقتحام المبنى، وجهزوا خراطيم للمياه تحسبًا لوقوع أي حريق، وأنه فور نفاذ الذخيرة من معظم المتواجدين أعلى سطح المقر، فروا هاربين من الأبواب الخلفية، إلا أنه لم يتمكن من الهرب لسبب قيام المتظاهرين بمحاصرته".
وأنكر المرشد السابق للجماعة، الاتهامات المنسوبة إليه، قائلاً "إنه رجل كبير سناً غير قادر على الحركة، وأنه ليس له دور حاليًا داخل الجماعة، وأنه لم يحضر أية اجتماعات تخص جماعة (الإخوان المسلمين) بعد مجئ محمد بديع مرشدًا عامًا للجماعة، وانقطعت صلته بالجماعة، ووأنه كان يتابع الأحداث الجارية عبر شاشات التلفزيون"، فأمرت بحبسهم 15 يومًا على ذمة التحقيقات.
وقد انتقلت نيابة حوادث جنوب القاهرة إلى سجن طرة، لاستكمال التحقيقات مع محمد مهدي عاكف والمهندس خيرت الشاطر، على خلفية اتهامهما بالتحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد المركزي لجماعة "الإخوان المسلمين" في المقطم، أثناء تظاهرات 30 حزيران/يونيو، والتي أسفرت عن مقتل 8 متظاهرين وإصابة أكثر من 70 آخرين.