تم اكتشاف كهوف ويتومو لأول مرة في عام 1887 من قبل رئيس قبيلة ماوري المحلية تين تينورو ومساح الأراضي الإنجليزي فريد ميس. كان الماوريون وهم السكان الأصليون لنيوزيلاندا على علم بوجود الكهوف ولكن الكهوف الجوفية لم تكتشف إلا بعد قيام فريد وتين بزيارة الكهوف وفحصها بدقة. فقاما ببناء قارب من خيوط الكتان، ودخلا الكهف حاملان الشموع وذهب بهما التيار إلى الكهوف الجوفية. وعندما دخلا الكهوف، وصلا إلى مغارة  مدهشة تنيرها أضواء متوهجة في السقف، كما اكتشفا تشكيلات من الحجر الجيري. ولشدة إعجابهما بالاكتشاف الجديد، عاود فريد وتين زيارة الكهف لعدة مرات بهدف اكتشاف المزيد، وفي إحدى الرحلات المستقلة، اكتشف تين مدخلا إلى الطابق العلوي للكهف، والذي يعتبر حاليا المدخل الرئيسي. بحلول عام 1889 افتتح تين الكهف أمام السياح، وكان وزوجته ينقلان السياح إلى داخل الكهف مقابل رسوم رمزية، ولكن  في عام 1906 تولت الحكومة إدارة الكهف ويحصل تين على نسبة مئوية من عائدات الكهف كما يساهم في إدارته وتطويره.